La electroforesis se lleva a cabo con un equipo compuesto de una carga negativa en un extremo y una carga positiva en el otro, denominado sistema de electroforesis. Al insertar moléculas cargadas, en este entorno, las negativas se irán a un extremo y las positivas al otro correspondiente. Por ejemplo, al analizar las proteínas en un gel, en estos equipos, se toma la proteína completa para analizar su tamaño. De esta forma, las más cortas migrarán a los polos de manera más rápida y se verán reflejadas en la parte inferior del gel. En cambio, las más largas quedarán en la parte superior.
Cuando una mezcla de moléculas ionizadas y con carga neta son posicionadas en un campo eléctrico, estas experimentan una fuerza de atracción hacia el polo que posee carga opuesta, dejando transcurrir cierto tiempo las moléculas cargadas positivamente se desplazaran hacia el cátodo (polo negativo) y aquellas cargadas positivamente se desplazarán hacia el ánodo (polo positivo).